20世纪90年代大部分市县放开粮食购销价格，农业市场化程度不断提高，同时对粮食为主的农产品流通体制进行了一系列改革，积极培育农产品市场体系，尝试建立与社会主义市场经济体制相适应的农产品流通体制，形成在国家宏观调控下市场机制对资源配置发挥基础性作用的机制。1998年5月10日，《国务院关于进一步深化粮食流通体制改革的决定》（以下简称《决定》）。《决定》认为，粮食流通体制仍然没有摆脱“大锅饭”的模式，国有粮食企业管理落后，政企不分，人员膨胀，成本上升；同时又严重挤占挪用粮食收购资金，导致经营亏损和财务挂账剧增，超出国家财政的承受能力。已越来越不适应社会主义市场经济的要求，到了非改不可、不改不行、刻不容缓的时候了。《决定》提出，改革的原则是“四分开一完善”，即实行政企分开、中央与地方责任分开、储备与经营分开、新老财务账目分开，完善粮食价格机制，更好地保护农民的生产积极性和消费者的利益，真正建立起适应社会主义市场经济要求、符合我国国情的粮食流通体制。
  《决定》提出以下改革新举措：一是转换粮食企业经营机制，实行政企分开。二是合理划分中央和地方的粮食责权，全面落实粮食省长负责制。三是完善粮食储备体系，实行储备和经营分开。四是建立和完善政府调控下市场形成粮食价格的机制。五是积极培育粮食市场，促进粮食有序流通。同时加大对供销合作社体制、农村金融和财税等体制的改革力度。