受国务院委托，国务委员兼国务院秘书长华建敏向大会作《关于国务院机构改革方案的说明》2008年2月27日，中国共产党第十七届中央委员会第二次全体会议通过了《关于深化行政管理体制改革的意见》和《国务院机构改革方案》，同意把《国务院机构改革方案》提请十一届全国人大一次会议审议。《关于深化行政管理体制改革的意见》指出，深化行政管理体制改革要以政府职能转变为核心，要全面正确履行政府职能。各级政府要按照加快职能转变的要求，结合实际，突出管理和服务重点，要按照精简统一效能的原则和决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的要求，紧紧围绕职能转变和理顺职责关系，进一步优化政府组织结构，规范机构设置，探索实行职能有机统一的大部门体制，完善行政运行机制。
  2008年3月15日，第十一届全国人民代表大会第一次会议听取了国务委员兼国务院秘书长华建敏《关于国务院机构改革方案的说明》，审议并批准了《国务院机构改革方案》。这次国务院机构改革的主要任务是，围绕转变政府职能和理顺部门职责关系，探索实行职能有机统一的“大部门体制”。
    第一，合理配置宏观调控部门职能。这次改革着力推动国家发展和改革委员会进一步转变职能，减少微观管理事务和具体审批事项，集中精力抓好宏观调控；财政部改革完善预算和税政管理，健全中央和地方财力与事权相匹配的体制，完善公共财政体系；中国人民银行进一步健全货币政策体系，加强与金融监管部门的统筹协调，维护国家金融安全。国家发展和改革委员会、财政部、中国人民银行等部门建立健全协调机制，形成更加完善的宏观调控体系。
    第二，加强能源管理机构。设立高层次议事协调机构国家能源委员会。组建国家能源局，由国家发展和改革委员会管理。将国家发展和改革委员会的能源行业管理有关职责及机构，与国家能源领导小组办公室的职责、国防科学技术工业委员会的核电管理职责进行整合，划入该局。国家能源委员会办公室的工作由国家能源局承担。不再保留国家能源领导小组及其办事机构。
    第三，组建工业和信息化部。将国家发展和改革委员会的工业行业管理有关职责，国防科学技术工业委员会核电管理以外的职责，信息产业部和国务院信息化工作办公室的职责，整合划入工业和信息化部。组建国家国防科技工业局，由工业和信息化部管理。国家烟草专卖局改由工业和信息化部管理。不再保留国防科学技术工业委员会、信息产业部、国务院信息化工作办公室。
    第四，组建交通运输部。将交通部、中国民用航空总局的职责，建设部的指导城市客运职责，整合划入交通运输部。组建国家民用航空局，由交通运输部管理。国家邮电局改由交通运输部管理。保留铁道部，继续推进改革。不再保留交通部、中国民用航空总局。
    第五，组建人力资源和社会保障部。将人事部、劳动和社会保障部的职责整合划入人力资源和社会保障部。组建国家公务员局，由人力资源和社会保障部管理。不再保留人事部、劳动和社会保障部。
    第六，组建环境保护部。不再保留国家环境保护总局。
    第七，组建住房和城乡建设部。不再保留建设部。
    第八，国家食品药品监督管理局改由卫生部管理。明确卫生部承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。
    经过以上调整，除国务院办公厅外，国务院设置组成部门27个，直属特设机构1个，直属机构15个，办事机构4个，部委管理的国家局16个，直属事业单位14个。国务院正部级机构减少4个。