1988年4月9日，七届全国人大一次会议通过了国务院机构改革方案，启动了新一轮的机构改革。这次政府机构改革首次提出了“转变政府职能是机构改革的关键”这一命题。此次机构改革着重于大力推进政府职能的转变，采取自上而下，先中央政府后地方政府，分步实施的方式进行。改革的重点是与经济体制改革关系密切的经济管理部门，通过机构改革，使得政府从直接管理为主转变为间接管理为主，强化了政府的宏观管理职能。

通过此次政府机构改革，国务院部委由原有的45个减为41个，直属机构从22个减为19个，非常设机构从75个减到44个。在国务院66个部、委、局中，有32个部门共减少1.5万多人，有30个部门共增加5300人，增减相抵，机构改革后的国务院人员编制比原来减少了9700多人。

在1987年召开的党的十三大会议上，党中央在总结前一段干部人事制度改革经验的基础上，进一步确立了全面改革干部人事制度的指导思想、具体内容和当前重点，即“三个改变”“三个建立”。具体说就是：“改变集中统一管理的现状，建立科学分类管理体制；改变用党政干部的单一模式管理所有人员的现状，形成各具特点的人事管理制度；改变缺乏民主法制的现状，实现干部人事的依法管理和公开监督。”

1988年七届全国人大一次会议通过的国务院机构改革方案中，明确提出组建人事部。目的是“为了适应党政职能分开和干部人事制度改革的要求，推行国家公务员制度，强化政府的人事管理职能”，职能是“建立和推行国家公务员制度，加强对国家人事行政和政府机构、编制的法制管理，综合协调各行业专业技术人员的分类管理，并承担有关国家机关工作人员的管理职能和国家科学技术委员会科技干部局的职能等”。