2006年9月1～2日，国务院在北京召开全国农村综合改革工作会议。温家宝总理出席会议并发表重要讲话。他强调，农业税的取消，标志着我国农村改革开始进入综合改革的新阶段。要充分认识农村综合改革的重要性和艰巨性，按照巩固农村税费改革成果和完善社会主义市场经济体制的要求，推进乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制改革，建立精干高效的农村行政管理体制和运行机制、覆盖城乡的公共财政制度、政府保障的农村义务教育体制，促进农民减负增收和农村公益事业发展，全面推动社会主义新农村建设。
  第一，推进乡镇机构改革，要以转变政府职能为重点，坚持政企分开，精简机构人员，提高行政效率，建立行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的基层行政体制和运行机制。要积极稳妥地合理调整乡镇政府机构，改革和整合乡镇事业站所，精简富余人员。并提出五年内乡镇机构编制只减不增是必须坚守的一条底线。上级部门要大力支持基层改革，不得以机构“上下对口”干预乡镇机构设置和人员配备。乡镇政府要重点强化三方面的职能：一是为农村经济发展创造环境；二是为农民提供更多公共服务；三是为农村构建和谐社会创造条件。同时，要把不应该由政府承担的经济活动和社会事务交给市场、中介组织和村民自治组织。
  第二，要贯彻把义务教育工作的重点放在农村的方针，通过农村义务教育体制改革，保障办学经费，提高教育质量，促进教育公平，加快农村义务教育发展，实现让每一个农村孩子都有学上、都能上得起学的目标。今明两年将在全国免除农村义务教育阶段中小学生的学杂费，同时将农村义务教育全面纳入公共财政保障范围，建立和完善政府投入办学、各级责任明确、财政分级负担、经费稳定增长的农村义务教育经费保障机制。教师工资必须列入财政预算，切实予以保证。今后要约法三章：不准减少本级政府对农村义务教育应承担的经费投入；不准挪用学校公用经费发放教师津贴；不准再乱收费加重学生的经济负担。要加快教育部门自身改革。深化教育人事制度改革，加强农村教师队伍建设；合理配置城乡教育资源，逐步缩小城乡之间义务教育发展差距；合理调整农村中小学布局，提高教育资源利用效率。
  第三，要以增强基层财政保障能力为重点，推进县乡财政管理体制改革。不断增加对农业和农村的投入，财政新增教育、卫生、文化等事业经费主要用于农村，国家基本建设资金增量主要用于农村，政府征用土地收益用于农村的比例要有明显增加。进一步完善转移支付制度，增加一般性转移支付，规范专项补助。继续推进“省直管县”财政管理体制和“乡财县管乡用”财政管理方式改革试点。努力改善县乡财政困难状况，确保乡镇机构和村级组织正常运转，增强基层政府提供公共服务的能力。